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阿昔洛韦
阿昔洛韦为一种无环的嘌呤核苷酸类似物，其抗病毒作用为药物进入疱疹病毒感染的细胞后，与脱氧核苷竞争病毒胸腺激酶或细胞激酶，药物被磷酸化成活化性阿昔洛韦三磷酸酯，然后通过两种方式抑制病毒复制：①干扰病毒DNA的多聚糖，抑制病毒的复制；②在DNA多聚糖作用下，与增长的DNA链结合，引起DNA链的延伸中断。治疗剂量为20mg/kg，加入10%葡萄糖液100mL静滴，1次/d；或者口服阿昔洛韦5～10mg/(kg·d)，3次/d。阿昔洛韦作为一种高效广谱的抗病毒药物，具有明显缩短发热及皮损愈合时间，减轻口腔疱疹疼痛，且在治疗期间未见任何副反应。
更昔洛韦
更昔洛韦又名丙氧鸟苷，是继阿昔洛韦之后新开发的广谱核苷类抗病毒药物。抗病毒作用与阿昔洛韦类似。治疗剂量为5～10mg/kg，加入10%葡萄糖液100 mL静滴，1次/d，疗程3～5d。用药期间酌情使用抗生素及退热药。黄世雄研究表明更昔洛韦治疗手足口病的疗效优于利巴韦林，热退及疱疹消退的时间显着短于利巴韦林。但是，更昔洛韦对骨髓的抑制作用及远期毒副作用尚需进一步研究。陈云健的研究表明使用利巴韦林注射液联合更昔洛韦治疗小儿手足口病效果优于单独使用上述任一种药物。
干扰素
干扰素作为一种强有力的抗病毒制剂，对多种病毒感染性疾病有明显疗效，已广泛应用于临床。治疗剂量为100万IU肌肉注射，1次/d。其治疗机制是通过在细胞内阻断病毒mRNA的翻译，抑制病毒核糖核酸合成来阻止病毒复制，同时也能通过增强自然杀伤淋巴细胞毒素的活性而加强宿主免疫力。足量应用干扰素能提高机体的细胞免疫力，达到抑制病毒、促进机体康复目的。胡恭等研究表明干扰素联合中药制剂如小儿清热宁治疗手足口病具有明显疗效。
利巴韦林
利巴韦林作为抗病毒的常用药，治疗小儿手足口病疗效肯定。治疗剂量为10 mg/kg，加入10 %葡萄糖液100 mL静滴，1～3次/d，疗程3 d;或者口利巴韦林含片1/4～1/2片，4次/d。用药期间酌情使用抗生素及退热药。副反应是罕见的出汗，食欲不振及低血糖等。本药目前在一些大医院不再作为治疗手足口病的首选药物。但因其总体上副反应少且价格低廉，安全可靠，疗效高，适用于基层医院推广使用。
思密达
思密达的有效成分是八面体蒙脱石微粒，具有层纹状分子结构，对消化道的病毒、细菌及其产生的毒素有较强的固定、吸附和清除作用，对消化道黏膜有很强的覆盖能力，能与黏液蛋白相结合，提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，能促进上皮组织恢复和再生。对于手足口病的患儿特别是口腔溃疡严重的患儿以适量思密达用温开水搅成糊状，4次/d，分别于早、午、晚饭后及睡前涂于口腔溃疡局部，可明显缩短小儿口腔溃疡的愈合时间，未出现明显毒副作用。且思密达口味香甜，患儿易于接受，值得在临床推广使用。
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