点评股东大会运作不规范、部分董事不尽责、对内幕知情人买卖股票缺乏控制一直是不少上市公司的通病，三九医药被勒令整改的问题亦正如此。根据证监局的通知，三九医药公司在治理与规范运作方面存在诸多问题。首先是“三会”运作不规范，包括股东大会会议、董事会会议、监事会会议甚至连会议记录都没有记载详细。其次，2006年至今三九医药公司有部分原任、现任董事、监事在任期内甚至从未亲自出席股东大会。此外，三九医药对内幕信息知情人及其关系人买卖本公司股票缺乏有效内部控制。同时，在财务管理、会计核算等方面，三九医药下属子公司存在向职工集资方面的不规范行为。